Program Studi Pendidikan Islam merupakan program studi yang pertama kali ada di Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (saat itu bernama Jurusan Tarbiyah). Program Studi Pendidikan Agama Islam berdiri pada tahun 1999 berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam No: E/154/1999. Sesuai dengan PMA 38 Tahun 2017, Lulusan Program Studi Pendidikan Agama Islam mendapatkan gelar akademik Sarjana Pendidikan Islam (S.Pd.I.). Program Studi Pendidikan Agama Islam telah terakreditasi BAN-PT Dengan Peringkat Nilai A Berdasarkan SK Nomor: 15/SK/BAN-PT/Ak-PNB/S/I/2018, yang berlaku sejak tahun 2018 hingga 03 September 2020.
Dalam rentang waktu 20 tahun, Program Studi PAI telah mengalami beberapa pergantian Ketua Prodi, di antaranya sebagai berikut:
- Periode 2001-2002: Dra. St. Rodliyah, M.Pd.
- Periode 2002-2006: Drs. Ju’subaidi, M.Ag.
- Periode 2006-2010: Dr. Basuki, M.Ag.
- Periode 2010-2014: Dr. Basuki, M.Ag.
- Periode 2014-2016: Dr. H. M. Miftahul Ulum, M.Ag.
- Periode 2016-2020: Kharisul Wathoni, M.Pd.I.